有三个方面区：
一、专业不同
1、金融工程专业
本专业学生主要学习经济学、金融学、金融工程和金融管理方面的基本理论和基础知识，接受理财、投融资、以及风险管理方法与技能的基本训练，具有设计、开发综合运用各种金融工具创造性解决金融实务问题的基本能力。
开展金融风险管理、公司理财、投资战略策划以及金融产品定价研究，能在跨国公司和金融机构从事金融财务管理、金融分析和策划的高素质复合型现代金融人才。
2、计算机专业
金融专业是以融通货币和货币资金的经济活动为研究对象，具体研究个人、机构、政府如何获取、支出以及管理资金以及其他金融资产的学科专业，是从经济学中分化出来的。
二、就业方向不同
1、金融工程专业
金融工程专业主要是用计算机来实现数学模型，从而解决金融相关的问题。所以，金融工程不同于MBA和MSP，它主要是培养金融界的技术工作者，也称作金融工程师——Quant。Quant 的职位主要集中在投资银行、对冲基金、商业银行和金融机构。
负责的主要工作根据职位也有很大区别，比较有代表性的包括pricing、model validation、research、develop and risk management，分别负责衍生品定价模型的建立和应用、模型验证、模型研究、程序开发和风险管理。总体来说工作相对辛苦，收入比其他行业高很多。
以Quant Developer为例，虽然实际工作和其他行业的程序员没有本质区别，但不仅收入高，而且很容易找到工作。
2、计算机专业
现在各大银行的总行正在着手建立内部风险管理模型，急需这方面的人才，可是，由于银行用人制度比较僵化，真正有水平的人未必能进去做这个事情。
银行内部的另外一个重要部门——资金部，也需要金融专业的人才，他们一方面在银行间债券市场操作，是未来固定收益证券这一块的主力，同时也是未来大有发展空间的公司债券市场、抵押支持债券这些金融专业产品的设计主力。
三、主干课程不同
1、金融工程专业
经济学模块；金融学模块；计算机模块；数学与统计模块等四大模块。开设课程有：政治经济学、微观经济学、宏观经济学、计量经济学、货币银行学、金融经济学，金融市场学，证券投资学，衍生金融工具，固定收益证券。
公司金融，金融工程学，金融会计、随机过程，时间序列分析，金融统计与分析应用，商业银行经营与管理，保险与精算，博弈论与信息经济学，金融风险管理，投资银行学，国际金融，国际投资，金融法等。
2、计算机专业
西方经济学、国际金融学、货币银行学、金融市场学、世界经济概论、金融工程学、国际保险、信托与租赁、公司金融、证券投资学、商业银行经营与管理、金融统计分析、国际结算、国际经济法、国际贸易理论与实务、金融专业英语。
同时还开设英语精读、英语阅读、英语口语、英语听力、微积分、线性代数、概率论与数理统计、计算机应用等多门基础课程。教学实践包括课程实习、毕业实习等，一般安排6周。金融学以取消先前的联考形式。各大学校都是采用自主命题、自主阅卷的方式组织考试。
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