学术学位和专业学位研究生的区别为培养目标不同、培养方式不同、招考条件不同、学费差异、难易程度不同；
培养目标不同：学术学位研究生，简称学硕，主要培养科研人才，他们的职业目标是大学教师和科研机构的研究人员，侧重理论教育，毕业后，学生可以获得双重学历证书和学位证书，他们的社会认可度相对较高，与专业硕士相比，学术研究生具有足够的理论知识，但缺乏实践和应用能力，动手能力相对较弱；
专业学位研究生，简称专硕，侧重理论研究和实践应用，最突出的特点是学术与专业的结合，主要培养具有一定专业或行业领域扎实的专业理论基础、解决问题的实践能力和专业素养的高层次应用型人才；
培养方式不同： 学硕侧重基础理论学习，学制一般为3年，教学内容以实际应用为主，针对专业需求，强调理论与应用的有机结合；此外，专业硕士强调案例分析和实践研究，注重培养学生研究实际问题的意识和能力，在学习过程中至少有半年的实践，而学术体系大多为两年；
招考条件不同：除了工商管理和其他专业，大多数学术硕士对申请者没有工作经验要求，这意味着应届毕业生和以前的毕业生都可以申请；而专硕个别专业如公共管理硕士（MPA）等要求考生必须具备相关工作经验。另外，对于跨专业，医学类专业无论是学硕还是专硕一般不允许。
学费差异：专硕学费要比学硕专业学费高；
如果将三年制硕士学位与两年制硕士学位相比较，总学费相差不大，最重要的是，硕士提前一年毕业，这样他不仅可以少花钱，而且可以早点开始工作，两者之间的时间和机会成本差异仍然相对较大。
难易程度不同：这一点表现最明显的就是英语一和英语二的差别。仅仅从考试大纲上看，英语一比英语二的考查点多出好几个。整体难度上，前者自然比后者大一些。因此，有些高校特别是名校的专硕专业不考英语二而是考英语一，对英语的要求还是蛮高的。此外，还有就是数学三与管理类联考中的数学部分整体难度有较大差别。
下面就以会计专业为例：会计学硕要考数学三，考试内容包括高数、线代和概率论，难度比较大；会计专硕的管理类联考数学部分考试内容全都是初高中数学知识，相对比较简单。但随着社会经济教育等多方面的发展，学硕与专硕的培养方式及含金量日渐趋同。